セーブポイントから少し進んだところで、ケビンと遭遇する。
そして、シオンが裏切った。
ネピリムに警告されてたはずだが、結局普通に裏切るのか。
自分以外シオンを救えないというケビンの甘言にのって、敵対することに。
シオン＆ケビン戦になったが、さして苦戦もすることなく突破。
２人との戦いが終わったところで、アレンが頑張る。
戦っている皆を止めて、必死でシオンを説得し始めた。
ここまでひたすら残念なイケメン街道を突き進んできたアレンにようやく見せ場が回ってきた。
アレンの説得を受けて、シオンはパーティに復帰する。
変身したケビンとの戦い。
まずはメンバーをシオン、ジギー、モモに変えてケビンをブレイクさせにいく。
ブレイクさせたところでジンとＪｒ．と入れ替えて攻撃。
順調に削っていったつもりだったが、その後全滅してしまう。
しかし、攻撃が確実にクリティカルになるオーバーテイカーを使用したケビンが、ブーストを使って全体攻撃を２連発。
さすがに生き延びられるはずもなかった。
再挑戦ではある程度削った後は、ケイオスを出して必殺技の最愛の福音を使用。
全員１回は戦闘不能になっても復活できるようにしておく。
そのままケイオスとシオンでＫＯＳ−ＭＯＳをサポートしつつ撃破する。
さてケビンを倒した後、奥へ行くとヴィルヘルムと遭遇する。
ヴィルヘルムいわく宇宙は徐々に滅びへと向かっているらしい。彼の目的は時間をループさせることで宇宙を救うこと。
そのためにツァラトゥストラとマリア、そしてシオンが持つ鍵が必要であるらしい。
しかし改心したシオンはヴィルヘルムの要求を突っぱねる。
ケビンも心変わりしてシオンたちに味方し、ツァラトゥストラを撃破するまで抑えていると言い出した。
ラストバトル、ツァラトゥストラ戦へと突入。
今回も最初は比較的順調だった。
Ｊｒ．、モモ、ジギーでまずブレイク狙い。それから、メンバーを変えて一気に倒しにいく。
……つもりだったのだが。
ある程度ダメージを与えるとツァラトゥストラはルーメンネビュラという単体の非常に強力な攻撃と、エンブリュオンというダメージは低いがブレイクダメージがバカ高い全体攻撃を使い始める。
そして、エンブリュオンからブーストを使っての連続行動で全滅。
ブレイクさせられて動けない状態で一撃死もありえる大ダメージを受け、１人が戦闘不能。
回復する間もなくまたエンブリュオンが来てブレイク、ルーメンネビュラで残り２人も倒されてしまう……という流れだった。
再挑戦ではヒルベルトエフェクトで常時ツァラトゥストラの能力を下げつつ戦って撃破。
Ｊｒ．、ジギー、モモでまずブレイク狙い→ブレイクしたところでジン、ＫＯＳ−ＭＯＳで削り→シオン、ＫＯＳ−ＭＯＳ、ケイオスで、ＫＯＳ−ＭＯＳをサポートしつつ撃破という流れ。
ケイオスの必殺技である最愛の福音はボス戦ではやはり重宝する。全員が一回ずつ復活可能になるのは非常に優秀だ。
エンディングがまた長い。
宇宙が滅びる原因は、実はケイオスにあるらしい。
その滅びを先延ばしにするために、ケイオスはネピリムと共にグノーシスやゾハルをどこかへ転移させようとする。
ＫＯＳ−ＭＯＳとジンはそんなケイオスの護衛として残った。
シオンたちはケイオスの遺言に従い、本当に宇宙を救う手段を模索するべくミクタムを脱出。
ロスト・エルサレムを目指すことになる。
なんかいろいろな謎が解き明かされたような、煙に巻かれたような微妙な感じだ……。
まあ、ともあれゼノサーガエピソード３はこれにてクリア。
クリアレベルはＫＯＳ−ＭＯＳが６４で、シオン、ケイオス、ジン、Ｊｒ．は６３、ジギーとモモは６２だった。
